Для начала попробуйте как следует обдать кипятком, потом, если не помогло, то залейте то место, где кролик пописал (если конечно проблема в этом) уксусом и оставьте минут на 15. После смойте хорошенько уксус и еще раз помойте клетку. Так же есть специальные спреи для устранения запаха. Вот например:

Люди, а у кого крольчихи - у нас появился довольно таки стойкий кисловатый запах. клетка - чистая. сено - съедается и меняется. Кролика всего обнюхала - ничем не пахнет, а запах висит именно в той комнате где кролик. ВОзможно ли , что это - запах секрета, выделяемого созревающим кроликом, когда она третеся щеками о мебель? Если да - то что делать то?? Вонища противная!